La sua fondazione è legata ad un antico monastero benedettino femminile, che fu fondato fra l’852 e l’874 grazie all’intervento di Engelberga d’Alsazia, moglie dell’imperatore Ludovico II. Le monache furono successivamente sostituite da monaci benedettini provenienti da Polirone, presso Mantova, nel 1129.

Alla fine del XV secolo la chiesa fu abbattuta per poter realizzare un nuovo tempio, progettato verso il 1490, che doveva comunque ricalcare le dimensioni dell’edificio precedente. Forse per questo primo progetto furono trasportate otto colonne di granito, che attualmente sostengono la volta a botte della navata centrale e che si rivelano estranee alla cultura di Alessio Tramello (1470 c.-1528), l’architetto che elaborò invece un nuovo progetto più ambizioso, completato nel 1511.

Il monastero fu soppresso nel 1810 e trasformato in caserma, mentre la chiesa divenne parrocchia sostituendosi alla chiesa di Santa Maria di Borghetto.